Die Meiji-Zeit, die neue Ära des Friedens, kann ihre Vergangenheit nicht abschütteln. Ein weiterer tot geglaubter Attentäter, welcher der Regierung an die Macht verhalf, plant einen neuen Umsturz. Kenshin reist nach Kyoto, um Shishio aufzuhalten, doch kann er, der nicht töten will, jemanden besiegen, der nur Stärke anerkennt?